Anime ini berlatar di sebuah dunia alternatif, di mana sebagian kecil anak-anak memiliki kemampuan super setelah mencapai masa pubertasnya.

 
Yuu Otosaka, adalah salah satu dari mereka. Ia memiliki kemampuan untuk mengambil alih tubuh orang lain selama 5 detik, dan seringkali menggunakan kekuatannya tersebut untuk menjalani kehidupan SMA dengan mudah.

 
Namun, ia tertangkap tangan oleh Nao Tomori dan dipaksa untuk pindah ke Akademi Hoshinoumi, di mana dirinya dan anggota OSIS lainnya harus membantu siswa yang memiliki kesulitan mengendalikan kemampuan mereka.

 
Dari sinilah kisah Charlotte bergulir.