Cerita Clannad berkisar tentang Tomoya Okazaki, siswa tingkat akhir SMA yang karena suatu alasan tertentu sangat membenci kota tempat tinggalnya.

 
Suatu hari, di perjalanan menuju ke sekolah, dia bertemu dengan seorang cewek bernama Furukawa Nagisa.

 
Tanpa alasan yang jelas, tiba-tiba Nagisa bergumam kalo dia sangat mencintai kota tempat tinggalnya … berbanding 180 derajat dengan apa yang dirasakan Tomoya.

 
Sejak pertemuan tersebut, Tomoya sadar kalo Nagisa ini punya sesuatu yang tidak ia miliki.

 
Dia penasaran, sebenernya apa sih yang membuat Nagisa beranggapan kalo kota tempat tinggalnya itu menyenangkan?

 
Oleh karena itu, Tomoya pun memutuskan untuk menghabiskan waktu luangnya bersama Nagisa. Dengan harapan, agar ia bisa mendapatkan jawaban dari pertanyaannya tersebut.

 
Dari sinilah kisah hidup Tomoya yang ‘sesungguhnya’ pun dimulai.