Naruse Ibara, Fukusaku Aoi, dan Nomura Taeko adalah Coppelion, clone buatan pemerintah Jepang yang telah direkayasa secara genetika agar kebal terhadap radiasi radioaktif.

 
Suatu hari, sinyal SOS mendadak datang dari dalam wilayah old capital yang seharusnya sudah menjadi kota mati karena tercemar bahan radioaktif.

 
Mereka bertiga pun diutus untuk menjelajahi old capital dan ditugaskan untuk menyelamatkan orang yang mengirim sinyal tersebut.