Cross Ange menceritakan tentang Ange, atau Angelise, seorang putri yang rasis dari sebuah kerajaan di dunia di mana para manusia bisa menggunakan sihir yang bernama Light of Mana.

 
Di dunia tersebut, terdapat juga ras manusia yang disebut sebagai Norma, yaitu manusia perempuan yang tidak bisa menggunakan sihir, tetapi langsung menetralisir semua sihir yang mereka sentuh.

 
Kaum Norma juga entah kenapa dibenci dan dianggap sangat rendah oleh semua manusia lainnya. Sayangnya Untungnya, Angelise ternyata seorang Norma.

 
Setelah identitasnya ketahuan, Ange kemudian disekap di sebuah pulau dan dibully diharuskan untuk menaiki robot raksasa untuk melawan D.R.A.G.O.N yang mengancam keamanan seluruh umat manusia.