Tokoh utama di anime ini adalah seorang inspektur muda bernama Re-L Mayer yang tinggal di kota bernama Romdeau.

 
Di Romdeau, semua penduduk termasuk manusia dan ‘AutoReiv’ (sebutan robot) hidup sejahtera.

 
Walau begitu, virus bernama Cogito menyebar dan menyerang para AutoReiv. Karena virus cogito, AutoReiv memiliki self-awareness seperti manusia dan mulai bertingkah seperti manusia.

 
Di samping itu, pemerintah kota Romdeau diam-diam mengadakan eksperimen untuk meneliti suatu makhluk yang luar biasa kuat.

 
Cerita bermula ketika Re-L bertemu dengan dua makhluk yang sedang diteliti oleh pemerintah. Mereka dinamakan Proxy.

 
Kemudian, Re-L ditugaskan untuk menangkap seorang pria misterius bernama Vincent Law yang diduga memiliki hubungan dengan Proxy.

 
Re-L pun bertanya-tanya, siapakah Vincent? Apa kaitan Vincent dengan Proxy? Apakah Proxy itu sebenarnya? Mengapa ada Proxy di dunia ini? Siapakah yang menciptakan Proxy?